万历初年，傅应祯因为秉直劝谏被投入诏狱，李祯与同僚乔岩、给事中徐贞明前往监狱探视他，结果被贬职为长芦盐运司知事。调任归德推官、礼部主事，三次担任顺天府丞。万历十八年(1590)，洮、河地区出现警讯，他极力陈述贡市不是一种适宜策略，并趁机指责了边防官吏的四大过失。神宗认为已经互市通贡了二十年，不应当追究开始的事，于是压制了他的提议。他担任右佥都御史巡视湖广期间曾上书，说：“知县梁道凝遵循吏职，反而被记录下等考绩，应该惩罚徇私的人以便告诫其他的人。推荐官吏不应该专门涉及高品级的人，像赵蛟、杨果等下级幕僚，也应当大肆表彰他们。”赵蛟、杨果是万历初年由吏员破格提拔的人。神宗的诏令都答复可以。他被招见并任命为左佥都御史，再调任户部右侍郎。赵用贤因为拒绝婚事而遭攻击，户部郎中郑材又诋毁他。李祯驳斥了郑材的奏疏，话语触犯了他的父亲郑洛。郑材在气愤中又上奏指斥李祯，李祯请求退休，神宗不允许。御史宋兴祖请求将郑材改派到其他的部以回避李祯，保全大臣的体统，神宗就将郑材调出京城派往南京。李祯不久调往兵部升任左侍郎。万历二十四年(1596)，日本受封朝贡的事情不成，首辅赵志皋、尚书石星都遭弹劾。朝廷大臣讨论战守的情况，奏章全部下达到兵部。李祯等人说：“现在所讨论的只是战、守与封贡三件事。封贡则李宗城虽被招回，杨方亨依然在职。如果就此提议罢黜，不要说将中国的几百人沉沦在异国他乡，而且我方的兵粮还没集结，形势很难进行远征。应该命令杨方亨静候朝廷通告，文书来就封贡，不来就终止此议。我认为战守是务实之举，应该伺机应变。况且朝鲜一向遵守礼仪，我军的驻地，应该严禁骚扰、劫掠。”所得的圣旨采纳了他们的建议。但是他在奏疏中称赵志皋、石星应当离职。神宗下诏责备李祯，只指令议论战守的事情，为何擅自提及大臣的去留，姑且不予追究。赵志皋从此对李祯不满。第二年，石星被治罪，神宗指令李祯负责部里的事务。李祯认为平壤、王京、釜山都是朝鲜的要地，请求修建一座大城，兴屯田，开辟市镇，同时陈述了战守的十五条策略，都被同意施行。后来他又多次陈述方略。
四川遭敌寇袭击。李祯上奏称：“四川与陕西接壤，但是松潘地区一向没有敌寇为患，是因为诸少数民族充当了屏障。自从俺答在西部放牧，陇右地区就一片骚乱。此后陇右防备森严，敌寇不能逞威，但祸乱就转移到了四川。现在各少数民族大半都定居西部边疆。我浏览地图，从北部边界延伸至西部由小路抵四川，最多不过九十里。幸赖层岩叠嶂、天险屹立，如镇虏堡是漳脑的门户，虹桥关是松城的咽喉。关堡之外，有岭有崖，都可以据守。驻守阿玉岭，敌人就不能翻越天险窥视堡寨。驻守黄胜场，敌人就不敢跨过塞墩而扰关。其他地方如横山、寡石崖尤其险要，都应该赶紧商讨设防，命令抚镇大臣报告计划。”神宗答复可以。
栀子画眉图（二首）。明代。李祯。 薝卜初开雪亚枝，枝头好鸟立成痴。少年京兆风流处，似汝花间对语时。
嵩县遇端午。明代。李祯。 老大偏多故里心，一逢佳节一沾襟。谁知此日菖蒲酒，又在山城独自斟。
至正妓人行（并叙）。明代。李祯。 永乐十七年，予自桂林役房山。是冬解后一遗姬于逆旅中，虽汨没尘土，有衰老态，然尚余笑谈风韵，犹以紫箫自随。访其详，盖大都妓人，以才貌隶教坊供奉。陵迁谷变，将落发为比丘尼，未果。已而转嫁编氓，愈并沦落。今垂老无所依，随孙就食匠营间。遂呼酒饮之，使吹数调。既罢，因与共论畴昔，其言至正时繁华富贵事如目睹。然每一追思，怀抱辄复作恶，岂来今往古红颜薄命当如是耶？余为低回凄然慨叹，且感其意，作长辞赠之，题曰《至正妓人行》，第辞华萎弱，不足以写其态度之万一。忧郁之际，取而读之，匪慰若人，聊以自解焉耳。桃花含露伤春老，莲叶欺霜悴秋早。红飘翠殒谁可方？大都伎人白头媪。言辞婉媚虽足爱，颜色萎摧宁再好？姿同蒲柳先凋零，景近桑榆渐枯槁。我役房山滞客边，客边意气迥非前。螺杯谩想红楼饮，雁柱徒怀锦瑟弦。晏岁荒村因解后，芳尊小酌且留连。阳台楚雨情磨灭，舞袖弓鞋事弃捐。于今沦落依草木，天寒幽居在空谷。爷娘底处认坟墓，姊妹何乡寻骨肉。初谓终身永欢笑，那知末路翻捞摝。莫惜缥囊紫玉箫，暂吹绛阙瑶台曲。停觞起立态是痴，敛衽踌躇半饷时。凝情徘徊倾听久，微茫杳渺度腔迟。娇痴睍睆莺求友，嫩讶昵喃燕哺儿。巨壑潜蛟惊起蛰，危巢别鹄苦分离。分离或变成凄切，凄切愈加音愈咽。荡子江湖信息稀，疲兵关塞肌肤裂。似啼似诉复似泣，若慕若怨兼若诀。孤舟嫠妇旅魂消，异域累臣鬓毛折。参差角羽杂宫商，微韵纡余巧抑扬。坠絮游丝争绕乱，哀蛩怨蚓互低昂。呦呦瑞鹿剔灵囿，哕哕和鸾集建章。楚弄数声谐洗簇，氐州一曲换伊凉。伊凉溜亮益闲暇，埙篪笛笙皆在下。琚瑀铿锵韵碧霄，机梭淅沥鸣玄夜。须臾众调多周遍，返席重论盛年话。一自干戈据扰攘，几多行辈遄沦谢。记得先朝至正初，奴家才学上头颅。银环约臂联条脱，彩线采绒缀罛罟。博局倦余邀伴赌，秋千蹴罢倩人扶。纤腰数被邻姬妒，鬓发常烦阿姐梳。羽林英俊驰轻縠，惯向奴家通夕宿。凤枕鸾衾肯暂辜，蜂媒蝶使交相属。冰客反惧胭粉涴，香体匪藉沉檀浴。退居始替兴圣斑，内使传宣又催促。宇宙雍熙百姓安，仁覃四裔覆三韩。畏吾选作必阇赤，钦察恩深答刺罕。已见拂郎呈崿袅，还闻缅甸贡琅玕。丹楹陡峻栖枿鹊，华表玲珑镂角端。神州形胜真佳丽，郁郁葱葱蟠王气。五谷丰登免税粮，九重娱乐耽声妓。广寒宵得侍乞巧，太液晨许陪修禊。避暑巡游欲届程，沿途宿顿争除地。随銮供奉拣娉婷，特敕奴家扈跸行。卤簿晓排仙仗发，抹伦晴鞠绣鞍乘。营间鼓镯轰雷动，碛外氛埃扫电清。纨扇试时违大内，花园过去是开平。宗王贵戚咸来会，嵩呼万岁齐齐跪。绯缨帽妥钵焦圆，黑瓣髻纫卜郎锐。后先雉扇怯薛执，左右麟符火赤佩。茜罽缝袍竺国师，霞绡蹙帔天魔队。齐姜宋女总寻常，惟诧奴家压教坊。乐府竞歌新北令，构栏慵做旧《西厢》。煞寅院本编蒙赏，喝采箜篌每擅场。浑脱囊盛阿剌酒，达拏珠络只徐裳。胡元运祚俄然歇，远遁龙荒弃城阙。官里遥冲朔漠尘，哈敦暗哭穹庐月。坏宫画静着封锁，虚室苔生罢朝谒。绝徼阴森部落衰，中原澒洞烽烟热。填沟塞堑总婵娟，蚁虱微躯幸瓦全。窈窕蛾眉浑懒画，蹒跚茧足亦羞缠。祇园披剃思依佛，梵榻跏趺拟学禅。练衲正宜参般若，赤绳无奈堕痴缘。兰心慧性非坚固，宛转绸缪媒妁误。嫁与凡庸里巷儿，流为鄙贱糟糠妇。文禽失类偶鸡鹜，孔雀迷群随鹘鹭。手具盘飧奉舅姑，亲操井硙应门户。物换星移十载强，尊嫜殂没藁砧亡。屡遭疾疫男捐馆，苦迫饥寒媳去房。瓦缶泥垆长是伴，瑶簪翠钿已相忘。忍谈富贵徒增感，怕说酸辛只断肠。筋骸疲惫龙钟久，里舍么娘嗤老丑。涂抹伊谁识阿婆，弹搊竞自矜纤手。偷生又幸逢明代，垂死宁当正丘首。轗轲颓龄谅弗多，槎牙瘦骨行将朽。欷歔叹古更嗟今，少日荣华晚陆沉。亹亹愿毋嫌耳，寥寥罕遇是知音。织乌荏苒忙过隙，司马汍澜已湿衿。往运推移端莫挽，穷途汩没最难禁。妓人听我相宽慰，美貌多为姿质累。仓惶明镜乐昌分，缥缈层楼绿珠坠。虽云茕独困贫乏，嬴得娇娆到憔悴。世上浮名不直钱，杯中醇酎休辞醉。屏营抆泪起逶迤，载拜殷勤乞赋诗。土炕蓬窗愁寂夜，挑灯快读解愁颐。那知皓首逢元稹，弗用黄金铸牧之。洒翰酬渠增慷慨，风流千载系遐思。
张舒州家观元承旨危素画像。明代。李祯。 虞揭凋零玉署空，堂堂至正独推公。气全河岳英灵秀，手抉云霞制作工。江总归陈翻恨老，贾生鸣汉早称雄。丹青似有无穷意，却写南冠入画中。
柳。明代。李祯。 含烟袅雾自青青，爱近官桥与驿亭。春满章台偏婀娜，秋深隋岸最凋零。长从苏小门前折，几向龟年笛里听。绝胜东风桃李树，飞花犹解化浮萍。
孝陵秋日陪祀柬彭赞礼永年。明代。李祯。 钟山欲晓色苍苍，小辇轻舆出建章。苑鹿不惊仙仗过，潭龙故喷御泉香。重城隐雾留残月，高树含风送早凉。惟有祠官最清贵，时来导驾沐恩光。
